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Cytoscape插件開(kāi)發(fā)小結(jié)

galaxy_robot / 1717人閱讀

摘要：前段時(shí)間接了一個(gè)，是給生命學(xué)院的老師開(kāi)發(fā)一個(gè)的插件。如果你一定要使用的新特性，可以嘗試一下使用最新版本的插件。這可以參考這個(gè)插件的。閱讀別人開(kāi)發(fā)的插件是最快捷的學(xué)習(xí)方法，當(dāng)你多方求索而不得時(shí)可以考慮在的里面求助。

前段時(shí)間接了一個(gè) parttime job，是給生命學(xué)院的老師開(kāi)發(fā)一個(gè) Cytoscape 的插件。本文做個(gè)簡(jiǎn)單的技術(shù)總結(jié)，所有的細(xì)節(jié)都基于 Cytoscape3.3.0，閱讀時(shí)請(qǐng)注意版本號(hào)。

Hello World from Maven

首先要安裝好 Cytoscape、JDK 8 和 Maven。在此我不做贅述。

如果你沒(méi)有接觸過(guò) Maven，最好稍微了解一下。因?yàn)?Hello World 就需要利用 Maven 命令自動(dòng)生產(chǎn)模范代碼。Cytoscape 的 wiki 上便有詳細(xì)的介紹，請(qǐng)參見(jiàn) Tutorial:Creating_an_OSGi_Bundle_Cytoscape_3_App。

關(guān)于 Maven，還有兩個(gè)問(wèn)題需要解決，其中一個(gè)是如果你使用了 Java 8 的函數(shù)式編程特性，很有可能導(dǎo)致編譯能通過(guò)但是沒(méi)辦法用 Maven 打包，這是 Maven 插件的問(wèn)題，我的解決方案是避免使用。如果你一定要使用 Java 8 的新特性，可以嘗試一下使用最新版本的插件。另外一個(gè)問(wèn)題是怎樣引入一個(gè)外部的 jar 包。這可以參考 stringApp 這個(gè)插件的 pom.xml。注意，其中 groupID 是org.cytoscape的這些包依賴的寫(xiě)法和末尾那些外部包依賴寫(xiě)法上的區(qū)別。因?yàn)镃ytoscape自己的那些包只是編譯時(shí)依賴，而外部包是運(yùn)行時(shí)依賴。

More about packaging

Cytoscape 的插件就是 jar包，除了需要放在jar包里面的常規(guī) class 文件，我們還需要放一些數(shù)據(jù)文件，比如 sqlite3 的數(shù)據(jù)庫(kù)，csv 格式的文本文件等等。那么怎么在運(yùn)行時(shí)訪問(wèn)這些資源呢？

針對(duì)這個(gè)問(wèn)題，你可以看我在Stackoverflow上的一個(gè)回答：add sqlite DB to executable JAR file

AbstactTask

一般情況下可以繼承 AbstractTask，將任務(wù)在 run 方法中實(shí)現(xiàn)。這樣做的好處在于 Cytoscape 可以捕獲到其中的異常，在日志中顯示，以供除蟲(chóng)。而且可以利用 TaskMonitor 顯示執(zhí)行任務(wù)的進(jìn)度。但是在實(shí)踐中發(fā)現(xiàn)顯示任務(wù)進(jìn)度這個(gè)功能會(huì)和彈出窗口沖突，也就是說(shuō)我沒(méi)法在執(zhí)行任務(wù)的中途彈出一個(gè)窗口讓用戶做一些選擇。這個(gè)時(shí)候就只能放棄繼承 AbstractTask，直接把任務(wù)放在所觸發(fā)的動(dòng)作中。

Debugging

可以使用標(biāo)準(zhǔn)輸出，也可以使用 Cytoscape 的日志系統(tǒng)。（在 Windows 下使用命令行啟動(dòng) Cytoscape，但是 cmd 的標(biāo)準(zhǔn)輸出并不能顯示，所以推薦用后者）后者可以點(diǎn)擊 Cytoscape 界面左下角的圖標(biāo)顯示。

import org.apache.log4j.Logger;
final Logger logger = Logger.getLogger("org.cytoscape.application.userlog");
Resources

閱讀別人開(kāi)發(fā)的 Cytoscape 插件是最快捷的學(xué)習(xí)方法，當(dāng)你多方求索而不得時(shí)可以考慮在 Cytoscape 的 Google Groups 里面求助。如果還是不行，就只能訴諸 Cytoscape 源碼了。

就說(shuō)這么多，建議從這里開(kāi)始，https://github.com/cytoscape/cytoscape-app-samples，挑幾個(gè)樣例過(guò)一遍代碼，再開(kāi)始編碼。

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