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摘要：華為生科云解決方案，由工作流彈性計算云對象云存儲線下數據寄送服務四部分組成，為客戶提供端到端的解決方案，助力中國科研數據分析，演繹了生物與計算的完美結合。
隨著互聯網的普及和技術的發展，大數據和云計算已經滲透在人們的生活的各個方面，在金融，零售，能源，交通等領域已經得到廣泛應用。而對于生物信息來說，生物的DNA、基因序列、生物芯片等無時無刻不產生新的數據；比如說，DNA測序每年能夠產生大約150億兆（PB級）的數據，如果將這些數據存儲在DVD中，那么刻錄出來的DVD能夠達2.5英里高。生命科學的數據來源和形式多樣，包括基因測序、分子通道、不同的人群等。每個臨床試驗需要千上萬病患的數年統計資料，而DNA測序的每個樣本產生的數據則以兆兆位計算；如果能高效、高速地利用這些大數據，無疑將為生命科學領域帶來無限機遇，但如何分析利用也帶來了全新挑戰。生物云計算便能很好的解決這些問題；
1）云存儲：利用世界上成百上千臺服務器云，通過分布式計算系統，取得廉價、便捷的服務；
2）云計算與大數據分析：通過大數據處理軟件將復雜，繁瑣的數據通過可視化，簡單化的方式呈現出分析結果。
大數據，云計算，生物醫學——三個炙手可熱的關鍵字和在一起會是什么效果？從應用角度出發，這個可以是SaaS，可以是PaaS；下面介紹一些國內外的生物云計算公司，從四個方面來重點介紹一下在云出現的比較有影響的在云端生物學大數據的應用。這四個方面分別是基因測序，臨床藥物研發管理以及健康管理。
1） DNAnexus
DNAnexus 是一家致力于打造云端 DNA 數據庫的創業公司，并把這些數據提供給研究人員和科學家。目的是將更多基因存儲至云端，實現基因的便捷的訪問和對比分析。該項目同時還提供人類基因數據備份，基因檢索和配對等。通過檢索和配對，醫生可以從數千萬的基因信息中找到對病人有效的藥物。目前 DNAnexus 的用戶已經包括斯坦福大學和哈佛大學等高校，制藥公司，某些醫生也會通過DNA 信息來診斷病情。公司提供的服務初衷解決在實驗室經過測序儀大量數據的問題，人類基因測一次數據，原始數據在100個G到600個G之間，通過服務導入到云服務平臺，后來提供了非常靈活的多樣化的各類各樣的關于數據的測序分析和比對的工作流程，數據可以有效的管理起來，并且測序結果能夠很好的以用戶很好的形式展現出來。該公司獲得Google領投的1500萬美元的融資。2014年1月，Google基因組開啟了基因組云存儲服務，目前谷歌基因組存儲數據費用為100GB數據25美元一年，可滿足單個人的原始基因信息存儲。且在經過谷歌特殊算法的處理后，可壓縮至1GB，費用也將降至25美分。
2）Seven Bridges Genomics
SevenBridges Genomics是美國一家創業公司，主要提供基因排序研究和生物制藥產品服務，實現生物信息的可視化，數據分析等方面。Seven Bridges Genomics在人類基因組排序和分析中綜合應用了云計算和NoSQL數據的技術，比如EC2、S3和MongoDB。為了降低數據存儲成本，他們還采用了Glacier。Seven Bridges PaaS提供了一個設置數據通道的界面，這些通道可以基于預定義的模型，也可以根據當前任務進行調整。
3）crossbow
Crossbow是一款能夠用于完整基因組重新排序分析的工具。經過對多個類庫進行整合，它可以借助AWS只花不到100美元的成本在3小時之內分析完一個人類基因組。對于有志于從事生物信息的開發人員來說，這是一個非常好的工具。這是對全基因分析的流程軟件，它的意義在于原來開發之前，完成一個人健康分析的在單個服務器，這軟件通過亞馬遜云平臺上的Hodoop把時間縮小了。結果來看，它現在在32CPU核上任務壓縮3小時不到，整個成本不到100美元，這是眾多工作中的一部分。
4）Explorys
Explorys公司成立于2009年，是一家臨床醫療數據管理應用公司，是克利夫蘭診所派生的創新公司。公司利用大數據提高醫療水平和服務質量。公司通過最強大的醫療計算平臺把各個系統的數據聯系在一起，提供完整的臨床整合、高危人群管理、醫療費計算解決方案以及業績計薪解決方案。該平臺擁有2050億臨床、財務、運行數據元，覆蓋3800萬名患者、300家醫院、215,000多名醫療服務提供者。18家大型綜合醫療系統正在使用可靠的Explorys云計算平臺確定疾病的類型、治療方案和治療效果。它是基于私有云的模式，向第三方機構提供服務，第三方機構可以把自己臨床數據、運維數據財務數據托管到這個平臺來，這個平臺提供較大的好處能實時提供數據分析，這個規模托管了1300萬人，大概4400億的內容，數據規模在60個TB左右，2013年達到70個TB，頂層技術在Hodoop上走的。
5）Illumina
Illumina公司是遺傳變異和生物學功能分析領域的優秀的產品、技術和服務供應商。Illumina銷售各種各樣的DNA相關產品，包括基因測序儀器、分析相關數據的軟件和服務。通過幫助客戶加快實現生物信息的采集、分析和應用，來改善人類健康。當前，Illumina擁有基因組測序儀市場70%的份額。公司今年1月，Illumina發布了新款高端基因測序儀，可以準確測出全基因組序列，而成本還不到1000美元。當前，基因組測序已經不再是一個簡單的研究工具，讀取人類全部DNA的費用已經降至足夠低，甚至可以用來解決一些醫療問題，并確定治療方案。
6）癌癥云存儲
2014年9月24日，美國癌癥研究中心在美國聯邦政府商務機會網站上發出公告，其于今年1月發起的癌癥基因組云計算平臺試驗項目花落The Broad Institute，Institute for SystemsBiology和Seven Bridges Genomics, Inc.，三家分別獲得了700萬、650萬和580萬美元的資助。NCI啟動此項目時發布的Broad Agency Announcement很好地闡述了一個大型科研機構或科研項目對云計算生物信息系統在各個方面的要求，包括核心數據、架構、計算服務、分析能力、權限管理、安全性、可擴展、數據標準等等，并提出了如何從這些角度評價一個云計算生物信息系統的基本考慮。
中國生物云計算公司
在中國，在基因組學為代表的生物數據分析市場上，圍繞在我們身邊的似乎只有華大基因、諾禾致源、藥明康德、貝瑞和康、美吉生物…其實，這個市場遠比我們想想的精彩。隨著以阿里云為代表的國內公共云計算服務的成熟，以及AWS進軍中國的腳步不斷向前，國內基于云計算的生物數據分析創業公司也開始涌現，小編今天為大家詳細介紹下國內云計算生物信息公司的情況：
1) 華大科技
華大科技基于成熟的商業云平臺和先進的超算資源，為客戶提供涵蓋云計算、云存儲和云交付的一體化服務。目前主要有：生物信息分析整體解決方案（BGI Box），基于云的生物信息分析，數據云交付和數據庫網站建立。
2）榮之聯
榮之聯手握當下最熱門的云計算項目，成為IT板塊又一生力軍。榮之聯為數據中心解決方案產品化項目、營銷服務網絡擴建項目、生物云計算數據中心開發和建設項目以及其他與主營業務相關的投入。以生物云作為突破口，憑借十多年的行業應用經驗，榮之聯選擇了生物行業作為突破口。生物信息學屬于新興行業，一般傳統的想法認為生物學研究還是在試驗室里用試管進行試驗，其實現在已經進入到分子生物學階段，構成DNA的堿基序列信息一旦從測序儀中測出來，后續大量的工作就基本上是計算機的工作了。如今，榮之聯正努力將華大基因建設生物云的經驗推廣到整個生物研究領域。除了生物云，榮之聯還在打造政府云、動漫云等，并且致力于讓這些“云”落地。
3）基云惠康
公司專注于人的外顯子測序數據分析和全基因組測序數據分析服務。Illumina專用于人全基因組測序的X Ten今年在國內的測序設備市場上儼然就是高大上的代名詞，基云惠康專注于人的全基因組測序數據分析也是自然而然的選擇。外顯子測序數據分析應該只是初創期順便做做的服務。
4）聚道科技
聚道科技（http://genedock.com）的創始人李夏戎是中科院自動化所的博士，在阿里收購友盟之前是友盟的首席數據科學家。前阿里云ODPS的產品經理，王樂珩也加盟了這個團隊。在加入阿里云之前，王樂珩是中科院計算所pFind的項目經理。移動互聯網加云計算背景的團隊殺進生物數據領域，在投資人看來是熱門之選——百萬美金的投資應該是已經入袋。從其網站上的Demo來看，其作品很像Seven Bridges和DNANexus。
5）華為生物云
華為生物云聚焦國內市場，適用于基因工程、蛋白質工程、生物制藥等需要高性能計算的業務的華為生科云解決方案這次也為我們帶來了驚喜。華為生科云解決方案，由HPC工作流、彈性計算云、對象云存儲、線下數據寄送服務四部分組成，為客戶提供端到端的解決方案，助力中國科研數據分析，演繹了生物與計算的完美結合。
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