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Python 性能分析入門指南

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摘要:內存泄漏往往發生在即使該對象不再使用的時候,你的程序還持有對該對象的引用。最快速發現內存泄漏的方式就是使用一個由編寫的非常好的稱為的工具。通過這些工具和技術的武裝,你應該可以獲取所有要求追蹤大多數內存泄漏以及在程序快速識別瓶頸的信息。

  

注: 本文的原作者是 Huy Nguyen ,原文地址為 A guide to analyzing Python performance

雖然并非你編寫的每個 Python 程序都要求一個嚴格的性能分析,但是讓人放心的是,當問題發生的時候,Python 生態圈有各種各樣的工具可以處理這類問題。

分析程序的性能可以歸結為回答四個基本問題:

正運行的多快

速度瓶頸在哪里

內存使用率是多少

內存泄露在哪里

下面,我們將用一些神奇的工具深入到這些問題的答案中去。

time 粗粒度的計算時間

讓我們開始通過使用一個快速和粗暴的方法計算我們的代碼:傳統的 unix time 工具。

 $ time python yourprogram.py
real    0m1.028s
user    0m0.001s
sys     0m0.003s

三個輸出測量值之間的詳細意義在這里 stackoverflow article,但簡介在這:

real -- 指的是實際耗時

user -- 指的是內核之外的 CPU 耗時

sys -- 指的是花費在內核特定函數的 CPU 耗時

你會有你的應用程序用完了多少 CPU 周期的即視感,不管系統上其他運行的程序添加的系統和用戶時間。

如果 sys 和 user 時間之和小于 real 時間,然后你可以猜測到大多數程序的性能問題最有可能與 IO wait 相關。

timing context 管理器細粒度的計算時間

我們下一步的技術包括直接嵌入代碼來獲取細粒度的計時信息。下面是我進行時間測量的代碼的一個小片段

timer.py

import time

class Timer(object):
    def __init__(self, verbose=False):
        self.verbose = verbose

    def __enter__(self):
        self.start = time.time()
        return self

    def __exit__(self, *args):
        self.end = time.time()
        self.secs = self.end - self.start
        self.msecs = self.secs * 1000  # millisecs
        if self.verbose:
            print "elapsed time: %f ms" % self.msecs

為了使用它,使用 Python 的 with 關鍵字和 Timer 上下文管理器來包裝你想計算的代碼。當您的代碼塊開始執行,它將照顧啟動計時器,當你的代碼塊結束的時候,它將停止計時器。

這個代碼片段示例:

from timer import Timer
from redis import Redis
rdb = Redis()

with Timer() as t:
    rdb.lpush("foo", "bar")
print "=> elasped lpush: %s s" % t.secs

with Timer() as t:
    rdb.lpop("foo")
print "=> elasped lpop: %s s" % t.secs

為了看看我的程序的性能隨著時間的演化的趨勢,我常常記錄這些定時器的輸出到一個文件中。

使用 profiler 逐行計時和分析執行的頻率

羅伯特·克恩有一個不錯的項目稱為 line_profiler , 我經常使用它來分析我的腳本有多快,以及每行代碼執行的頻率:

為了使用它,你可以通過使用 pip 來安裝它:

pip install line_profiler

安裝完成后,你將獲得一個新模塊稱為 line_profilerkernprof.py 可執行腳本。

為了使用這個工具,首先在你想測量的函數上設置 @profile 修飾符。不用擔心,為了這個修飾符,你不需要引入任何東西。kernprof.py 腳本會在運行時自動注入你的腳本。

primes.py

@profile
def primes(n): 
    if n==2:
        return [2]
    elif n<2:
        return []
    s=range(3,n+1,2)
    mroot = n ** 0.5
    half=(n+1)/2-1
    i=0
    m=3
    while m <= mroot:
        if s[i]:
            j=(m*m-3)/2
            s[j]=0
            while j

一旦你得到了你的設置了修飾符 @profile 的代碼,使用 kernprof.py 運行這個腳本。

kernprof.py -l -v fib.py

-l 選項告訴 kernprof 把修飾符 @profile 注入你的腳本,-v 選項告訴 kernprof 一旦你的腳本完成后,展示計時信息。這是一個以上腳本的類似輸出:

Wrote profile results to primes.py.lprof
Timer unit: 1e-06 s

File: primes.py
Function: primes at line 2
Total time: 0.00019 s

Line #      Hits         Time  Per Hit   % Time  Line Contents
==============================================================
     2                                           @profile
     3                                           def primes(n): 
     4         1            2      2.0      1.1      if n==2:
     5                                                   return [2]
     6         1            1      1.0      0.5      elif n<2:
     7                                                   return []
     8         1            4      4.0      2.1      s=range(3,n+1,2)
     9         1           10     10.0      5.3      mroot = n ** 0.5
    10         1            2      2.0      1.1      half=(n+1)/2-1
    11         1            1      1.0      0.5      i=0
    12         1            1      1.0      0.5      m=3
    13         5            7      1.4      3.7      while m <= mroot:
    14         4            4      1.0      2.1          if s[i]:
    15         3            4      1.3      2.1              j=(m*m-3)/2
    16         3            4      1.3      2.1              s[j]=0
    17        31           31      1.0     16.3              while j

尋找 hits 值比較高的行或是一個高時間間隔。這些地方有最大的優化改進空間。

它使用了多少內存?

現在我們掌握了很好我們代碼的計時信息,讓我們繼續找出我們的程序使用了多少內存。我們真是非常幸運, Fabian Pedregosa 仿照 Robert Kern 的 line_profiler 實現了一個很好的內存分析器 [memory profiler][5]

首先通過 pip 安裝它:

$ pip install -U memory_profiler
$ pip install psutil

在這里建議安裝 psutil 是因為該包能提升 memory_profiler 的性能。

line_profiler 一樣, memory_profiler 要求在你設置 @profile 來修飾你的函數:

@profile
def primes(n): 
    ...
    ...

運行如下命令來顯示你的函數使用了多少內存:

$ python -m memory_profiler primes.py

一旦你的程序退出,你應該可以看到這樣的輸出:

Filename: primes.py

Line #    Mem usage  Increment   Line Contents
==============================================
     2                           @profile
     3    7.9219 MB  0.0000 MB   def primes(n): 
     4    7.9219 MB  0.0000 MB       if n==2:
     5                                   return [2]
     6    7.9219 MB  0.0000 MB       elif n<2:
     7                                   return []
     8    7.9219 MB  0.0000 MB       s=range(3,n+1,2)
     9    7.9258 MB  0.0039 MB       mroot = n ** 0.5
    10    7.9258 MB  0.0000 MB       half=(n+1)/2-1
    11    7.9258 MB  0.0000 MB       i=0
    12    7.9258 MB  0.0000 MB       m=3
    13    7.9297 MB  0.0039 MB       while m <= mroot:
    14    7.9297 MB  0.0000 MB           if s[i]:
    15    7.9297 MB  0.0000 MB               j=(m*m-3)/2
    16    7.9258 MB -0.0039 MB               s[j]=0
    17    7.9297 MB  0.0039 MB               while j


line_profilermemory_profiler 的 IPython 快捷命令

line_profilermemory_profiler 一個鮮為人知的特性就是在 IPython 上都有快捷命令。你所能做的就是在 IPython 上鍵入以下命令:

%load_ext memory_profiler
%load_ext line_profiler

這樣做了以后,你就可以使用魔法命令 %lprun%mprun 了,它們表現的像它們命令行的副本,最主要的不同就是你不需要給你需要分析的函數設置 @profile 修飾符。直接在你的 IPython 會話上繼續分析吧。

In [1]: from primes import primes
In [2]: %mprun -f primes primes(1000)
In [3]: %lprun -f primes primes(1000)

這可以節省你大量的時間和精力,因為使用這些分析命令,你不需要修改你的源代碼。

哪里內存溢出了?

cPython的解釋器使用引用計數來作為它跟蹤內存的主要方法。這意味著每個對象持有一個計數器,當增加某個對象的引用存儲的時候,計數器就會增加,當一個引用被刪除的時候,計數器就是減少。當計數器達到0, cPython 解釋器就知道該對象不再使用,因此解釋器將刪除這個對象,并且釋放該對象持有的內存。

內存泄漏往往發生在即使該對象不再使用的時候,你的程序還持有對該對象的引用。

最快速發現內存泄漏的方式就是使用一個由 Marius Gedminas 編寫的非常好的稱為 [objgraph][6] 的工具。
這個工具可以讓你看到在內存中對象的數量,也定位在代碼中所有不同的地方,對這些對象的引用。

開始,我們首先安裝 objgraph

pip install objgraph

一旦你安裝了這個工具,在你的代碼中插入一個調用調試器的聲明。

import pdb; pdb.set_trace()
哪個對象最常見

在運行時,你可以檢查在運行在你的程序中的前20名最普遍的對象

pdb) import objgraph
(pdb) objgraph.show_most_common_types()

MyBigFatObject             20000
tuple                      16938
function                   4310
dict                       2790
wrapper_descriptor         1181
builtin_function_or_method 934
weakref                    764
list                       634
method_descriptor          507
getset_descriptor          451
type                       439
哪個對象被增加或是刪除了?

我們能在兩個時間點之間看到哪些對象被增加或是刪除了。

(pdb) import objgraph
(pdb) objgraph.show_growth()
.
.
.
(pdb) objgraph.show_growth()   # this only shows objects that has been added or deleted since last show_growth() call

traceback                4        +2
KeyboardInterrupt        1        +1
frame                   24        +1
list                   667        +1
tuple                16969        +1
這個泄漏對象的引用是什么?

繼續下去,我們還可以看到任何給定對象的引用在什么地方。讓我們以下面這個簡單的程序舉個例子。

x = [1]
y = [x, [x], {"a":x}]
import pdb; pdb.set_trace()

為了看到持有變量 X 的引用是什么,運行 objgraph.show_backref() 函數:

(pdb) import objgraph
(pdb) objgraph.show_backref([x], filename="/tmp/backrefs.png")

該命令的輸出是一個 PNG 圖片,被存儲在 /tmp/backrefs.png,它應該看起來像這樣:

盒子底部有紅色字體就是我們感興趣的對象,我們可以看到它被符號 x 引用了一次,被列表 y 引用了三次。如果 x 這個對象引起了內存泄漏,我們可以使用這種方法來追蹤它的所有引用,以便看到為什么它沒有被自動被收回。

回顧一遍,objgraph 允許我們:

顯示占用 Python 程序內存的前 N 個對象

顯示在一段時期內哪些對象被增加了,哪些對象被刪除了

顯示我們腳本中獲得的所有引用

Effort vs precision

在這篇文章中,我展示了如何使用一些工具來分析一個python程序的性能。通過這些工具和技術的武裝,你應該可以獲取所有要求追蹤大多數內存泄漏以及在Python程序快速識別瓶頸的信息。

和許多其他主題一樣,運行性能分析意味著要在付出和精度之間的平衡做取舍。當有疑問是,用最簡單的方案,滿足你當前的需求。

相關閱讀:

stack overflow - time explained

line_profiler

memory_profiler

objgraph

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