linux anaconda中mkl庫的一個坑

lanffy 發布于2019-06-26 19:01 / 2873人閱讀

摘要：檢查目錄，可以看到開頭的有好多。排除缺少庫的問題。這個方法實際是用另一個同樣功能的庫取代。試了下，發現在目錄下也有相關的，而且多了一個的，查了下，這個是官方的包。設置環境變量，使用以下兩個包替換默認的下的包，問題解決。

問題

anaconda3中默認鏈接了一個自己的mkl庫。代碼中使用到mkl時，會報以下錯誤:

INTEL MKL ERROR: ~/anaconda3/envs/py27/bin/../lib/libmkl_avx2.so: undefined symbol: mkl_sparse_optimize_bsr_trsm_i8.
Intel MKL FATAL ERROR: Cannot load libmkl_avx2.so or libmkl_def.so.

解決方法

從現象看是找不到符號表。檢查envs/py27/lib/目錄，可以看到libmkl*開頭的lib有好多。至少libmkl_avx2.so 和 libmkl_def.so都在。排除缺少庫的問題。

nm -D 查看libmkl開頭的庫，可以看到mkl_sparse_optimize_bsr_trsm_i8這個symbol出現了很多次，帶實現的也有，找不到符號怎么看都不應當。

去anaconda官方文檔看了下。有提到mkl模式默認安裝的，如果出問題建議安裝nomkl這個包，然后卸載所有mkl,mkl-service兩個包。這個方法實際是用另一個同樣功能的庫取代mkl。部分應用場景能解決問題，然后我的問題用該方法不能解決。

find libmkl試了下，發現在anaconda3/lib/目錄下也有mkl相關的lib，而且多了一個libmkl-core.so的so，查了下，這個是mkl官方的包。對比了env下的mkl和這個mkl包的區別，發現很多包都是不一樣大小的，想到以前做嵌入式開發時遇到的包中的符號表被刪除的現象，決定使用這個官方包試試。

設置LB_PRELOAD環境變量，使用以下兩個包替換默認的env下的包，問題解決。

export LD_PRELOAD=~/anaconda3/lib/libmkl_core.so:~/anaconda3/lib/libmkl_sequential.so

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