通過自學python求已經知道DNA模版的相輔相成DNA序列

89542767 發布于2022-12-22 14:31 / 348人閱讀

　　本文關鍵給大家介紹了通過自學python求已經知道DNA模版的相輔相成DNA序列的實例詳細說明，感興趣的小伙伴可以參考借鑒一下，希望可以有一定的幫助，祝愿大家多多的發展，盡早漲薪。

　　DNA序列

　　ACTGATCGATTACGTATAGTATTTGCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT

　　求其相輔相成DNA序列。

　　在微生物上DNA相輔相成編碼序列概述表述能夠表述為：A與T，C與G相輔相成，可以看作將以上編碼序列中已有的A用T取代，C用G取代，T用A取代，G用C取代，則其相輔相成編碼序列為：

　　TGACTAGCTAATGCATATCATAAACGATAGTATGTATATATAGCTACGCAAGTA

　　根據上述表述，我可以利用replace（）函數進行替換，將A用T替換，T用A替換，C用G替換，G用C替換，

　　簡述其代碼

　　my_dna="ACTGATCGATTACGTATAGTATTTGCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
　　#replace A with T
　　sequence1=my_dna.replace('A','T')
　　#replace T with A
　　sequence2=sequence1.replace('T','A')
　　#replace C with G
　　sequence3=sequence2.replace('C','G')
　　#replace G with C
　　sequence4=sequence3.replace('G','C')
　　#print the result of the final replacement
　　print(sequence1)
　　print(sequence2)
　　print(sequence3)
　　print(sequence4)

　　其輸出結果如下：

　　TCTGTTCGTTTTCGTTTTGTTTTTGCTTTCTTTCTTTTTTTTCGTTGCGTTCTT

　　ACAGAACGAAAACGAAAAGAAAAAGCAAACAAACAAAAAAAACGAAGCGAACAA

　　AGAGAAGGAAAAGGAAAAGAAAAAGGAAAGAAAGAAAAAAAAGGAAGGGAAGAA

　　ACACAACCAAAACCAAAACAAAAACCAAACAAACAAAAAAAACCAACCCAACAA

　　原始序列上進行替換

　　顯然結果是不正確的，我們在sequence1到sequence2中就已經出現錯誤，誤把sequence1中A被替換之后變為T的序列，在sequence2中又被替換掉了，因此我們要轉變思路，保持只替換原本的序列，不進行多次替換，避免錯誤，我們可以嘗試每次只在原始序列上進行替換，嘗試代碼如下：

　　my_dna="ACTGATCGATTACGTATAGTATTTGCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
　　#replace A with T
　　sequence=my_dna.replace('A','T')
　　#replace T with A
　　sequence2=my_dna.replace('T','A')
　　#replace C with G
　　sequence3=my_dna.replace('C','G')
　　#replace G with C
　　sequence4=my_dna.replace('G','C')
　　print(sequence1)
　　print(sequence2)
　　print(sequence3)
　　print(sequence4)

　　其輸出結果如下：

　　TCTGTTCGTTTTCGTTTTGTTTTTGCTTTCTTTCTTTTTTTTCGTTGCGTTCTT

　　ACAGAACGAAAACGAAAAGAAAAAGCAAACAAACAAAAAAAACGAAGCGAACAA

　　AGTGATGGATTAGGTATAGTATTTGGTATGATAGATATATATGGATGGGTTGAT

　　ACTCATCCATTACCTATACTATTTCCTATCATACATATATATCCATCCCTTCAT

　　顯然結果也是不正確的，因此，我們要引入中間變量，最后再把它做一個回環，

　　也就是說引入四個臨時字母，然后每個變換2次，最后把最終結果輸出，其代碼可以為：

　　my_dna="ACTGATCGATTACGTATAGTATTTGCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
　　sequence1=my_dna.replace('A','H')
　　sequence2=sequence1.replace('T','J')
　　sequence3=sequence2.replace('C','K')
　　sequence4=sequence3.replace('G','L')
　　sequence5=sequence4.replace('H','T')
　　sequence6=sequence5.replace('J','A')
　　sequence7=sequence6.replace('K','G')
　　sequence8=sequence7.replace('L','C')
　　print(sequence8)
　　其結果為：
　　TGACTAGCTAATGCATATCATAAACGATAGTATGTATATATAGCTACGCAAGTA
　　利用upper()輸出大寫結果
　　至此得到了我們想要的結果，但這種方法顯然是有些復雜了，我們可以利用字符的大小寫來完成我們的工作，也就是利用小寫字母為臨時變量，最終利用upper()輸出大寫的結果就行了，其代碼和結果如下：
　　my_dna="ACTGATCGATTACGTATAGTATTTGCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
　　sequence1=my_dna.replace('A','t')
　　print(sequence1)
　　sequence2=sequence1.replace('T','a')
　　print(sequence2)
　　sequence3=sequence2.replace('C','g')
　　print(sequence3)
　　sequence4=sequence3.replace('G','c')
　　print(sequence4)
　　print(sequence4.upper())

　　其結果為：

　　tCTGtTCGtTTtCGTtTtGTtTTTGCTtTCtTtCtTtTtTtTCGtTGCGTTCtT

　　tCaGtaCGtaatCGatatGataaaGCataCtatCtatatataCGtaGCGaaCta

　　tgaGtagGtaatgGatatGataaaGgatagtatgtatatatagGtaGgGaagta

　　tgactagctaatgcatatcataaacgatagtatgtatatatagctacgcaagta

　　TGACTAGCTAATGCATATCATAAACGATAGTATGTATATATAGCTACGCAAGTA

　　至此我們的互補DNA序列得到了，也許有更好更簡潔的代碼。

　　結尾

　　盡管這是一個不起眼的測算程序流程，但是對于新手的我來說每次對源代碼的更新改造，即便是了解后注解都覺得是一場發展提高，總而言之編碼雖然不大，出手最關鍵！期待更多學學Pythod的發燒友不必像我這樣好高騖遠，學編程就是為了，思索，敲碼，思索，敲碼，敲碼，再敲碼，更多關于python求DNA模板互補序列的資料歡迎關注原網頁其他類似文章！

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