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?自組織映射(SOM)神經網絡?Python實現

leon / 1950人閱讀

?九月?份了,車神哥又回歸了校園
?冬天?還會遠嗎
?推薦一首最近很?喜歡?的歌?
?No Fear In My Heart -樸樹?


由于最近在寫一篇相關的論文,就說說其中遇到的一些問題吧~

Minisom

之前做過一個對minisom的第三方開源庫的介紹,可以點擊看這里

對相應的代碼添加了注釋:

導入各種庫吧

# 導入庫from sklearn.model_selection import train_test_splitfrom sklearn.metrics import classification_reportimport numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltfrom matplotlib.patches import Patchimport pandas as pdfrom minisom import MiniSomimport mathimport xlrdfrom icecream import icfrom tqdm import tqdmfrom openpyxl import load_workbookimport openpyxlfrom time import time

第一步是導入數據的Function,這很簡單就不解釋了

# 傳入數據成DataFrame的矩陣格式def loaddata(datafile, num_name):    df = pd.read_excel(datafile, sheet_name=num_name, index_col=0)   # 導入數據    return df  # 返回值

由于代碼不是很長,就沒有按照模塊來寫了


然后是導入源文件及其標簽。
說實話,在現實項目中,想要找到不同特征的標簽是真的真的真的太難了!!!
不要問為什么,當你實踐你就知道了~

# 導入原始數據# 1.導入訓練和測試數據集datafile = "*********.xls"  # 原始數據文件名# 2.導入標簽數據y = pd.DataFrame(pd.read_csv("label****.csv"))    # 讀取你的標簽數據或者原有的標簽是最好的yy = []   # 設置空矩陣# 循環(huán)將標簽導入yy矩陣中for iy in range(y.shape[0]):    Uy = y.iloc[iy, 0]    yy.append(int(Uy))y = yy   # 賦值給y

再讀取每個sheet中的不同特征名稱,我的數據集是這樣,如果你沒有特征名稱,最好對其進行標記,這樣會更加有效。

# 3.讀取特征標簽feature_names = pd.DataFrame(pd.read_excel(datafile, index_col=0)).columns   # 取數據的列:特征標簽class_names = [0, 1]  # 標簽名稱feat = []   # 設置空矩陣# 循環(huán)將特征名稱添加到feat矩陣中for tz in range(feature_names.shape[0]):    tezh = feature_names[tz]    feat.append(tezh)  # 逐步添加進featfeature_names = feat   # 賦值給feature_namesprint("特征名稱:", feature_names)

由于我的源文件會有很多個sheet,所以需要對每一個sheet進行訓練及測試,再進行保存操作,如果你只要一個數據表的話,可以對此進行相應的改進。

# 按照每一個數據Sheet讀取每一層的數據# 讀取文件數據集workbook = xlrd.open_workbook(datafile)  # 打開數據文件sheets = workbook.sheet_names()   # 讀取原始數據的數據表sheet名SheetNames = []   # 設置空矩陣# 循環(huán)輸出for sheetname in tqdm(sheets):    print("表格的名稱是:", sheetname)    SheetNames.append(sheetname)   # 循環(huán)添加進空矩陣SheetNames中print("原始數據表的表單名稱為:", SheetNames)num_n = pd.DataFrame(SheetNames).shape[0]  # 獲取表單的個數print("表單的個數為:", num_n)# 設置空數據表1dff = pd.DataFrame(columns=["title", "content"])    # 添加列名dff.to_excel("SOM_Result.xlsx")   # 保存到"SOM_Result.xlsx"## 設置空數據表2dff2 = pd.DataFrame(columns=["title1", "content1"])   # 添加列名dff2.to_excel("SOM_label_result.xlsx")  # 保存到"SOM_label_result.xlsx"start_time = time()    # 記錄設置開始的時間

接下來也是對我的每一個表單進行循環(huán)遍歷訓練及其測試的過程,如果只需要進行一次,那么只需要取消循環(huán)過程,更改其中的一些變量即可。
其中包含SOM的訓練及測試,權值矩陣、map、聚類結果的可視化,精確度等操作。

for i_c in range(num_n):    if i_c < num_n:        print("程序目前處在第%r層數." % SheetNames[i_c])        XMat = loaddata(datafile, num_name=SheetNames[i_c])  # 返回得到浮點型矩陣        # 設置空數據表1        dff = pd.DataFrame(columns=["title", "content"])  # 添加列名        dff.to_excel("SOM_Result_"+ SheetNames[i_c] +".xlsx")  # 保存到"SOM_Result.xlsx"        ## 設置空數據表2        dff2 = pd.DataFrame(columns=["title1", "content1"])  # 添加列名        dff2.to_excel("SOM_label_result_"+ SheetNames[i_c] +".xlsx")  # 保存到"SOM_label_result.xlsx"        X =  XMat.values    # 將DataFrame格式改為np.array矩陣        # 劃分訓練集、測試集  7:3        X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.3, random_state=0)  # X為原始數據,y為標簽數據,test_size為訓練集和測試集劃分比例,random_state為選擇隨機打亂的方式,可設置為01方式        N = X_train.shape[0]  #樣本數量        M = X_train.shape[1]  #維度/特征數量        """        設置超參數        """        size = math.ceil(np.sqrt(5 * np.sqrt(N)))  # 經驗公式:決定輸出層尺寸        print("訓練樣本個數:{}  測試樣本個數:{}".format(N, X_test.shape[0]))        print("輸出網格最佳邊長為:", size)        max_iter = 1000  # 迭代次數        # Initialization and training(初始化及其訓練) size為神經元數,M為輸入維度/特征數量, learning——rate為學習率        som = MiniSom(size, size, M, sigma=3, learning_rate=0.5,                      neighborhood_function="bubble")    # Neighborhood_function’近鄰函數‘可選的設置有"gaussian""mexican_hat""bubble". 調參的時候可以都試一遍,看效果        """        初始化權值,有2個API        """        som.pca_weights_init(X_train)   # PCA降維初始化        som.train_batch(X_train, max_iter, verbose=False)  # train_batch 每次按順序取一個樣本,用過最后一個樣本后跳回第一個樣本,循環(huán)直到迭代次數滿足max_iter        winmap = som.labels_map(X_train, y_train)   # 求取獲勝神經元        # 判斷樣本的類別        def classify(som,data,winmap):            from numpy import sum as npsum   # 導入庫            default_class = npsum(list(winmap.values())).most_common()[0][0]   # 獲取獲勝神經元的值            result = []   # 設置空矩陣            for d in data:   # 循環(huán)迭代                win_position = som.winner(d)   # 獲勝神經元的權值位置                if win_position in winmap:    # 判斷是否屬于獲勝神經元                    result.append(winmap[win_position].most_common()[0][0])  # 將其添加進空矩陣result中                else:                    result.append(default_class)   # 若不滿足上面的條件則將default_class添加進result中            print("輸出result結果:", result)            return result   # 返回值        # 輸出混淆矩陣        y_pred = classify(som, X_test, winmap)   # 調用classify函數        print(classification_report(y_test, np.array(y_pred)))   # 輸出混淆矩陣        # 繪制各種圖        # U-Matrix        heatmap = som.distance_map()  #生成U-Matrix        plt.imshow(heatmap, cmap="bone_r")      #miniSom案例中用的pcolor函數,需要調整坐標        plt.colorbar()   # 顏色卡        plt.figure(figsize=(9, 9))   # 設置圖像大小        # 背景上畫U-Matrix        heatmap = som.distance_map()  # 熱力圖        plt.pcolor(heatmap, cmap="bone_r")  # plotting the distance map as background 設置樣式        # 定義不同標簽的圖案標記        markers = ["o", "s"]   # 設置圖案樣式        colors = ["C0", "C1"]   # 定義不同標簽圖案的顏色        category_color = {"Normal": "C0",                          "fault": "C1",                          }   # 設置對應字典        for cnt, xx in enumerate(X_train):  # 迭代獲取X_train訓練數據            w = som.winner(xx)  # getting the winner            # 在樣本Heat的地方畫上標記            plt.plot(w[0]+.5, w[1]+.5, markers[y_train[cnt]], markerfacecolor="None",                     markeredgecolor=colors[y_train[cnt]], markersize=12, markeredgewidth=2) # plot繪制圖像,markerfacecolor:標記顏色,markersize:標記尺寸,markeredgewidth:標記寬度        plt.axis([0, size, 0, size])  # 設置坐標系        ax = plt.gca()    # 進行坐標軸的移動,gca就是get current axes        ax.invert_yaxis() #顛倒y軸方向        legend_elements = [Patch(facecolor=clr,                                 edgecolor="w",                                 label=l) for l, clr in category_color.items()]        plt.legend(handles=legend_elements, loc="center left", bbox_to_anchor=(1, .95))  # 設置圖像界面細節(jié)        # plt.show()  # 顯示圖        label_name_map_number = {"Normal":0,"Fault":1}        # 神經元占比餅圖        from matplotlib.gridspec import GridSpec        plt.figure(figsize=(9, 9))    # 設置圖像界面大小        the_grid = GridSpec(size, size)   # 神經元個數        for position in winmap.keys():   # 迭代獲取獲勝神經元位置            label_fracs = [winmap[position][label] for label in [0,1]]  # 獲取標簽            plt.subplot(the_grid[position[1], position[0]], aspect=1)    # 表示把顯示界面分割成the_grid[position[1]*position[0]的網格            patches, texts = plt.pie(label_fracs)    # 用于繪制餅圖            plt.text(position[0]/100, position[1]/100,  str(len(list(winmap[position].elements()))),                      color="black", fontdict={"weight": "bold",  "size": 15},                      va="center", ha="center")  # 給圖中加標簽        plt.legend(patches, class_names, loc="center right", bbox_to_anchor=(-1, 9), ncol=3)  # 顯示圖中的各種標簽        # plt.show()   # 輸出顯示圖像        # 權重熱力圖        plt.figure(figsize=(10, 10))   # 設置圖像大小        for i, f in enumerate(feature_names):  # 迭代循環(huán)獲取feature_names特征            plt.subplot(4, 4, i+1)    # 表示把顯示界面分割成 4*4 的網格            plt.title(f)   # 設置標題            W = som.get_weights()  # 獲得權重數據            plt.imshow(W[:,:,i], cmap="coolwarm")   # 輸出熱力圖,W[:,:,i]變量存儲圖像,可以是浮點型數組、unit8數組以及PIL圖像,參數cmap用于設置熱圖的Colormap,代表熱力塊的樣式顏色            plt.colorbar()   # colorbar,顏色卡尺            plt.xticks(np.arange(size+1))   # 設置主圖的橫坐標的刻度字體大小            plt.yticks(np.arange(size+1))   # 設置主圖的縱坐標的刻度字體大小        # plt.show()  # 輸出顯示圖像        # 保存result——label        print("開始SOM標簽Result保存!")        df_winmap = pd.DataFrame.from_dict(winmap, orient="index")  # 讀取轉換winmap        ic(df_winmap)  # 輸出顯示df_winmap        writer1 = pd.ExcelWriter("SOM_label_result_"+ SheetNames[i_c] +".xlsx", engine="openpyxl")   # 讀取"SOM_label_result.xlsx"        book1 = load_workbook(writer1.path)  # 獲取文件路徑        writer1.book = book1  # 賦值        df_winmap.to_excel(excel_writer=writer1, sheet_name=str(SheetNames[i_c]))  # 建立為數據表        writer1.save()   # 保存數據表        writer1.close()  # 關閉數據表        print("SOM標簽Result保存結束!")        # 保存result_data        print("開始SOM最終Result坐標保存!")        winner = som.win_map(X_train, return_indices=True)   # 獲取SOM的獲勝神經元結果        my_df = pd.DataFrame.from_dict(winner, orient="index")  # 轉換輸出賦值給my_df        ic(my_df)   # 顯示輸出        writer = pd.ExcelWriter("SOM_Result_"+ SheetNames[i_c] +".xlsx", engine="openpyxl")   # 建立數據表"SOM_Result.xlsx"        book = load_workbook(writer.path)   # 獲取文件路徑        writer.book = book   # 賦值        my_df.to_excel(excel_writer=writer, sheet_name=str(SheetNames[i_c]))   # 保存數據表        writer.save()   # 保存操作        writer.close()  # 關閉操作        print("SOM最終Result坐標保存結束!")

大體的流程就是這樣了,minisom的庫訓練起來比Matlab快了不知道多少倍,?yyds?!!!


九月,加油吧!!!


?堅持讀Paper,堅持做筆記,堅持學習?!!!
?To Be No.1

??


?創(chuàng)作不易?,過路能?關注收藏點個贊?三連就最好不過了

?( ′???` )

?


我是這耀眼的瞬間,是劃過天邊的剎那火焰.

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leon

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