摘要：安裝執行版本號，例如以下語句可以安裝幾的版本好像在墻內只能找到以前的版本使用可以查看現有的版本，可以支持模糊切換。

一直說要好好學習，總結知識什么的。一直覺得沒有時間。周一終于提交了論文盲審。決定從今天每周都總結一次自己的所學。希望自己能堅持。

一個醫學系的同學要分析一個叫TCGA的數據庫，每個實驗文件是txt，格式如下：

hsa-miR-1228*    5.185500096 hsa-miR-1229    5.754380131
hsa-miR-1231    4.542420238 hsa-miR-1233    5.148618769
hsa-miR-1234    5.581203559

需要提取出幾個指標的對應數據，指標需要她自己輸入，根據文件名中的基因名稱來排序生成一個excel表格，大約如下：

第一次寫的不好，如果看了覺得可以改進請幫忙提出，謝謝。
https://github.com/LuyaoWang/...

這個任務我能想到的方案有：
1.配一個vs環境然后用C#做一個exe執行程序。但是對方有兩臺電腦，操作系統分別為mac和windows，所以就放棄了。
2.直接寫shell腳本，可以處理txt和cvs。但是我不太確定，而且cvs還要轉一層。
3.幫助對方配一個node環境，然后用node寫個腳本運行一下。

因為我沒用過node寫腳本，所以就打算試一試，如果有更好的方案可以后續討論。

如果是幫不會代碼的人裝環境最好是直接去node官網下個對應版本就了了。不然折騰起來麻煩，地址如下：

https://nodejs.org/en/download/

如果涉及后續的開發，建議先下載nvm（node version manager），再裝node。

安裝nvm

在終端運行以下語句，里面的版本號看一下：

curl -o https://raw.githubusercontent.com/creationix/nvm/v0.25.2/install.sh | bash

我幫同學配的時候一直報錯，說profile not found. Tried (as defined in $PROFILE)，所以建議如果沒有這個文件的話，先用以下語句建一個文件以后再運行

touch ~/.bash_profile

如果裝完輸入nvm還是找不到就把以下文字輸入.bash_profile，出錯提示里面也有的。

export NVM_DIR="$HOME/.nvm"
[ -s "$NVM_DIR/nvm.sh" ] && . "$NVM_DIR/nvm.sh"  # This loads nvm

安裝node
執行nvm install + 版本號，例如以下語句可以安裝node7.幾的版本(好像在墻內只能找到3.3.1以前的版本)

nvm install 7

使用nvm ls可以查看現有的node版本，nvm use 7 可以支持模糊切換。

安裝依賴庫

在node中已經包含了npm，node project manager吧。所以，我寫了一個package.json文件，說明了這個腳本需要依賴的excel庫，用npm install來自動安裝。

在我現在的理解下，我覺得node只是一個平臺，里面有很多的api和庫可以用來調用，真正開發的語言還是JavaScript，之后如果有更多理解會修改。所以我就查了一下node已經集合了一個名為fs的庫用于處理txt。

主要用到兩個api，readfile用來讀文件，readdir用于讀文件夾。
api文檔地址：
https://nodejs.org/api/fs.htm...

建立一個文件app.js,然后把一下代碼復制進去，在命令行輸入node app.js就可以得到讀取的txt文件內容了。

var fs = require("fs");
fs.readFile("txt文件地址", "utf-8", function(error, config) {
    if (error) {
        console.log(error);
        console.log("config文件讀入出錯");
    }
    console.log(config.toString());
}

這個需要用戶輸入提取的那個數據名詞，然后我把數據名詞后面的數字提取出來。這個交互，我使用的是讓她填寫一個config.txt，然后我解析一下提取出名詞，按照正則表達式來匹配，一個名詞一重循環（這里可以考慮排序名詞，二分查找改進效率）。

正則匹配函數match（）
原型：stringObj.match(regExp)
可以有兩種使用方式，一種是寫死匹配stringObj.match(/ffffd/),一種是傳入一個string，然后生成一個RegExp變量，如下：

var itemName = [];
itemName[0] = "hsa-miR-424";
var itemReg  = [];
itemReg[0]  = new RegExp(itemName[0]);itemName存有名詞
data.match(itemReg[0]);

具體參看mdn里面有正則表達的詳細過濾規則：
https://developer.mozilla.org...

這個我主要參考了small2寫的node.js讀寫excel文件。引入了庫excel-export用于導出excel。基本上就是改了一下他的exports.write函數，加入了我需要導入的邏輯，因為我的首行各單元格內容是用戶輸入的，所以就是還要復制新的caption。并且有的時候需要合并另一個excel里面的cd274的值。

conf是所有需要導入excel的配置和數據。先把這個conf里面的所有數值填寫好。包括conf.name就是工作表名稱，conf.cols中存放首行單元格信息。conf.rows就是之后每一行的信息。

然后調用var result = excelPort.execute(conf)，得到用于寫入的二進制數據。

最后調用fs.writeFile(filePath, result, "binary", call_back)寫入excel。

另外有個問題，我發現type如果是number的時候我的excel打不開，不知道為什么。

var excelPort = require("excel-export");

exports.write = function(req, res) {
    //   console.log(itemName);
    var conf  = {};
    conf.name = "mysheet";
    conf.cols = [
        {caption: "gene_id", type: "string", width: 40}
    ];
    for (let i = 0; i < itemNum; i++) {
        if (isCD274.match(/y/)) {
            conf.cols[i + 2]         = {caption: "", type: "string", width: 40};
            conf.cols[i + 2].caption = itemName[i];
        } else {
            conf.cols[i + 1]         = {caption: "", type: "string", width: 40};
            conf.cols[i + 1].caption = itemName[i];
        }
    }
    if (isCD274.match(/y/)) {
        conf.cols[1] = {caption: "cd274", type: "string", width: 40};
    }
    conf.rows    = req;
    var result   = excelPort.execute(conf);
    var filePath = "./result.xlsx";
    fs.writeFile(filePath, result, "binary", function(err) {
        if (err) {
            console.log(err);
        }
        console.log("success!");
    });

};

官方文檔在此，但是例子用了express，我就沒仔細看。
https://www.npmjs.com/package...

第一次正經的自己裝了一個node，然后花了一天時間實現了這個功能，還是很開心的。但是由于后來沒什么耐心了，各種實現應該不太符合規范。等學習一段時間我再來改進。

這應該是我第一次用js做了腳本操作，之前基本就是最簡單的dom操作。我的思維還是停留在c++的那種同步模式，本來想直接用同步機制，但是這樣用js的好處就體會不到了。作用域的問題也特別亂，我感覺我一直在不停的把變量嵌套進回調函數。回調嵌套回調，我只知道如何輸入一個數據到函數里，不知道怎么輸出，只能無限循環進去，我看了一下express可以有req和res的交互，但是不想給一個這么小的例子加太多東西，所以就先這樣。我覺得js本身應該解決了這個問題，只是我還沒學到，下周研究一下這個問題，把作用域搞搞清楚。