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Pandas之旅(四) : 可能是社區內最實用的Pandas技巧

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摘要:不為人知的七大實用技巧大家好,我今天勤快地回來了,這一期主要是和大家分享一些的實用技巧,會在日常生活中大大提升效率,希望可以幫助到大家還是老樣子,先給大家奉上這一期的章節目錄自定義選項,設置實用中模塊構建測試數據巧用訪問器合并其他列拼接使用

Pandas不為人知的七大實用技巧

大家好,我今天勤快地回來了,這一期主要是和大家分享一些pandas的實用技巧,會在日常生活中大大提升效率,希望可以幫助到大家,還是老樣子,先給大家奉上這一期的章節目錄:

自定義pandas選項,設置

實用pandas中testing模塊構建測試數據

巧用accessor訪問器

合并其他列拼接DatetimeIndex

使用分類數據(Categorical Data)節省時間和空間

利用Mapping巧妙實現映射

壓縮pandas對象

源碼及GitHub地址

好啦,話不多說,讓我們一個個看吧

1. 自定義pandas選項,設置

首先,大家可能不知道,pandas里面有一個方法pd.set_option(),利用它我們可以改變一些pandas中默認的核心設置,
從而適應我們自身的需要,開始前還是老樣子,讓我們先導入numpy和pandas包

import numpy as np
import pandas as pd
f"Using {pd.__name__}, Version {pd.__version__}"
"Using pandas, Version 0.23.0"


現在讓我們編寫一個start方法來實現自定義pandas設置

def start():
    options = {
        "display": {
            "max_columns": None,
            "max_colwidth": 25,
            "expand_frame_repr": False,  # Don"t wrap to multiple pages
            "max_rows": 14,
            "max_seq_items": 50,         # Max length of printed sequence
            "precision": 4,
            "show_dimensions": False
        },
        "mode": {
            "chained_assignment": None   # Controls SettingWithCopyWarning
        }
    }

    for category, option in options.items():
        for op, value in option.items():
            pd.set_option(f"{category}.{op}", value)  # Python 3.6+

if __name__ == "__main__":
    start()
    del start  # Clean up namespace in the interpreter

大家可以發現,我們在方法的最后調用了pandas的set_option方法,直接利用我們自定義的參數替代了原有的pandas參數,現在讓我們測試一下:

pd.get_option("display.max_rows")
Out:14

可以發現max_rows 已經被替換成了我們設置的14,現在用一個真實的例子,我們利用一組公開的鮑魚各項指標的數據來實驗,數據源來自機器學習平臺的公開數據

url = ("https://archive.ics.uci.edu/ml/"
       "machine-learning-databases/abalone/abalone.data")
cols = ["sex", "length", "diam", "height", "weight", "rings"]
abalone = pd.read_csv(url, usecols=[0, 1, 2, 3, 4, 8], names=cols)
abalone
sex length diam height weight rings
0 M 0.455 0.365 0.095 0.5140 15
1 M 0.350 0.265 0.090 0.2255 7
2 F 0.530 0.420 0.135 0.6770 9
3 M 0.440 0.365 0.125 0.5160 10
4 I 0.330 0.255 0.080 0.2050 7
5 I 0.425 0.300 0.095 0.3515 8
6 F 0.530 0.415 0.150 0.7775 20
... ... ... ... ... ... ...
4170 M 0.550 0.430 0.130 0.8395 10
4171 M 0.560 0.430 0.155 0.8675 8
4172 F 0.565 0.450 0.165 0.8870 11
4173 M 0.590 0.440 0.135 0.9660 10
4174 M 0.600 0.475 0.205 1.1760 9
4175 F 0.625 0.485 0.150 1.0945 10
4176 M 0.710 0.555 0.195 1.9485 12

我們可以看到,數據截斷為14行,保留了小數點后4位小數作為精度,和我們剛剛設置的precision=4是一樣的

2. 實用pandas中testing模塊構建測試數據

通過pandas.util.testing提供的方法,我們可以很容易的通過幾行代碼就構建出一個簡單的測試數據類型,比如我們現在構建一個DataTime類型的數據,
時間間隔為月:

import pandas.util.testing as tm
tm.N, tm.K = 15, 3         # 規定行和列

import numpy as np
np.random.seed(444)

tm.makeTimeDataFrame(freq="M").head() # 設置時間間隔為月
# tm.makeTimeDataFrame(freq="D").head()  設置時間間隔為天
A B C
2000-01-31 0.3574 -0.8804 0.2669
2000-02-29 0.3775 0.1526 -0.4803
2000-03-31 1.3823 0.2503 0.3008
2000-04-30 1.1755 0.0785 -0.1791
2000-05-31 -0.9393 -0.9039 1.1837

瞎生成一組亂七八糟的數據:

tm.makeDataFrame().head()
A B C
nTLGGTiRHF -0.6228 0.6459 0.1251
WPBRn9jtsR -0.3187 -0.8091 1.1501
7B3wWfvuDA -1.9872 -1.0795 0.2987
yJ0BTjehH1 0.8802 0.7403 -1.2154
0luaYUYvy1 -0.9320 1.2912 -0.2907

關于可以隨機生成的數據類型, 一共大概有30多種,大家如果感興趣可以多試試:

[i for i in dir(tm) if i.startswith("make")]
["makeBoolIndex",
 "makeCategoricalIndex",
 "makeCustomDataframe",
 "makeCustomIndex",
 "makeDataFrame",
 "makeDateIndex",
 "makeFloatIndex",
 "makeFloatSeries",
 "makeIntIndex",
 "makeIntervalIndex",
 "makeMissingCustomDataframe",
 "makeMissingDataframe",
 "makeMixedDataFrame",
 "makeMultiIndex",
 "makeObjectSeries",
 "makePanel",
 "makePeriodFrame",
 "makePeriodIndex",
 "makePeriodPanel",
 "makePeriodSeries",
 "makeRangeIndex",
 "makeStringIndex",
 "makeStringSeries",
 "makeTimeDataFrame",
 "makeTimeSeries",
 "makeTimedeltaIndex",
 "makeUIntIndex",
 "makeUnicodeIndex"]


這樣我們如果有測試的需求,會很容易地構建相對應的假數據來測試。

3. 巧用accessor訪問器

accessor(訪問器) 具體就是類似getter和setter,當然,Python里面不提倡存在setter和getter方法,但是這樣可以便于大家理解,pandas Series類型有3類accessor:

pd.Series._accessors

Out:{"cat", "dt", "str"}

.cat用于分類數據,

.str用于字符串(對象)數據,

.dt用于類似日期時間的數據。

讓我們從.str開始看:假設現在我們有一些原始的城市/州/ 郵編數據作為Dataframe的一個字段:

addr = pd.Series([
    "Washington, D.C. 20003",
    "Brooklyn, NY 11211-1755",
    "Omaha, NE 68154",
    "Pittsburgh, PA 15211"
])
addr.str.upper()  # 因為字符串方法是矢量化的,這意味著它們在沒有顯式for循環的情況下對整個數組進行操作
0     WASHINGTON, D.C. 20003
1    BROOKLYN, NY 11211-1755
2            OMAHA, NE 68154
3       PITTSBURGH, PA 15211
dtype: object



addr.str.count(r"d")  # 查看郵編有幾位
0    5
1    9
2    5
3    5
dtype: int64


如果我們想把每一行分成城市,州,郵編分開,可以用正則;

regex = (r"(?P[A-Za-z ]+), "      # One or more letters
         r"(?P[A-Z]{2}) "      # 2 capital letters
         r"(?Pd{5}(?:-d{4})?)")  # Optional 4-digit extension

addr.str.replace(".", "").str.extract(regex)
city state zip
0 Washington DC 20003
1 Brooklyn NY 11211-1755
2 Omaha NE 68154
3 Pittsburgh PA 15211

第二個訪問器.dt用于類似日期時間的數據。它其實屬于Pandas的DatetimeIndex,如果在Series上調用,它首先轉換為DatetimeIndex

daterng = pd.Series(pd.date_range("2018", periods=9, freq="Q"))  # 時間間隔為季度
daterng
0   2018-03-31
1   2018-06-30
2   2018-09-30
3   2018-12-31
4   2019-03-31
5   2019-06-30
6   2019-09-30
7   2019-12-31
8   2020-03-31
dtype: datetime64[ns]



daterng.dt.day_name()
0    Saturday
1    Saturday
2      Sunday
3      Monday
4      Sunday
5      Sunday
6      Monday
7     Tuesday
8     Tuesday
dtype: object



daterng[daterng.dt.quarter > 2]  # 查看2019年第3季度和第4季度
2   2018-09-30
3   2018-12-31
6   2019-09-30
7   2019-12-31
dtype: datetime64[ns]



daterng[daterng.dt.is_year_end]  #查看年末的一天
3   2018-12-31
7   2019-12-31
dtype: datetime64[ns]


最后有關.cat訪問器我們會在第5個技巧中提到

4. 合并其他列拼接DatetimeIndex

現在先讓我們構建一個包含時間類型數據的Dataframe:

from itertools import product
datecols = ["year", "month", "day"]

df = pd.DataFrame(list(product([2017, 2016], [1, 2], [1, 2, 3])),
                  columns=datecols)
df["data"] = np.random.randn(len(df))
df
year month day data
0 2017 1 1 -0.0767
1 2017 1 2 -1.2798
2 2017 1 3 0.4032
3 2017 2 1 1.2377
4 2017 2 2 -0.2060
5 2017 2 3 0.6187
6 2016 1 1 2.3786
7 2016 1 2 -0.4730
8 2016 1 3 -2.1505
9 2016 2 1 -0.6340
10 2016 2 2 0.7964
11 2016 2 3 0.0005

我們可以發現year,month,day是分開的三列,我們如果想要把它們合并為完整的時間并作為df的索引,可以這么做:

df.index = pd.to_datetime(df[datecols])
df.head()
year month day data
2017-01-01 2017 1 1 -0.0767
2017-01-02 2017 1 2 -1.2798
2017-01-03 2017 1 3 0.4032
2017-02-01 2017 2 1 1.2377
2017-02-02 2017 2 2 -0.2060

我們可以扔掉沒用的列并把這個df壓縮為Series:

df = df.drop(datecols, axis=1).squeeze()
df.head()
2017-01-01   -0.0767
2017-01-02   -1.2798
2017-01-03    0.4032
2017-02-01    1.2377
2017-02-02   -0.2060
Name: data, dtype: float64



type(df)
pandas.core.series.Series



df.index.dtype_str
"datetime64[ns]"


5. 使用分類數據(Categorical Data)節省時間和空間

剛剛我們在第3個技巧的時候提到了訪問器,現在讓我們來看最后一個.cat

pandas中Categorical這個數據類型非常強大,通過類型轉換可以讓我們節省變量在內存占用的空間,提高運算速度,不過有關具體的pandas加速實戰,我會在
下一期說,現在讓我們來看一個小栗子:

colors = pd.Series([
    "periwinkle",
    "mint green",
    "burnt orange",
    "periwinkle",
    "burnt orange",
    "rose",
    "rose",
    "mint green",
    "rose",
    "navy"
])

import sys
colors.apply(sys.getsizeof)
0    59
1    59
2    61
3    59
4    61
5    53
6    53
7    59
8    53
9    53
dtype: int64


我們首先創建了一個Series,填充了各種顏色,接著查看了每個地址對應的顏色所占內存的大小

注意這里我們使用sys.getsizeof()來獲取占內存大小,但是實際上空格也是占內存的,sys.getsizeof("")返回的是49bytes

接下來我們想把每種顏色用占內存更少的數字來表示(機器學習種非常常見),這樣可以減少占用的內存,首先讓我們創建一個mapper字典,給每一種顏色指定
一個數字

mapper = {v: k for k, v in enumerate(colors.unique())}
mapper
{"periwinkle": 0, "mint green": 1, "burnt orange": 2, "rose": 3, "navy": 4}


接著我們把剛才的colors數組轉化為int類型:

# 也可以通過 pd.factorize(colors)[0] 實現
as_int = colors.map(mapper)
as_int
0    0
1    1
2    2
3    0
4    2
5    3
6    3
7    1
8    3
9    4
dtype: int64


再讓我們看一下占用的內存:

as_int.apply(sys.getsizeof)
0    24
1    28
2    28
3    24
4    28
5    28
6    28
7    28
8    28
9    28
dtype: int64


現在可以觀察到我們的內存占用的空間幾乎是之前的一半,其實,剛剛我們做的正是模擬Categorical Data的轉化原理。現在讓我們直接調用一下:

colors.memory_usage(index=False, deep=True)

Out:650
colors.astype("category").memory_usage(index=False, deep=True)

Out: 495

大家可能感覺節省的空間并不是非常大對不對? 因為目前我們這個數據根本不是真實場景,我們僅僅把數據容量增加10倍,現在再讓我們看看效果:

manycolors = colors.repeat(10)
len(manycolors) / manycolors.nunique()  # Much greater than 2.0x 

Out:20.0
f"Not using category : { manycolors.memory_usage(index=False, deep=True)}"
"Not using category : 6500"



f"Using category : { manycolors.astype("category").memory_usage(index=False, deep=True)}"
"Using category : 585"


這回內存的占用量差距明顯就出來了,現在讓我們用.cat來簡化一下剛剛的工作:

new_colors = colors.astype("category")
new_colors
0      periwinkle
1      mint green
2    burnt orange
3      periwinkle
4    burnt orange
5            rose
6            rose
7      mint green
8            rose
9            navy
dtype: category
Categories (5, object): [burnt orange, mint green, navy, periwinkle, rose]



new_colors.cat.categories   # 可以使用.cat.categories查看代表的顏色
Index(["burnt orange", "mint green", "navy", "periwinkle", "rose"], dtype="object")


現在讓我們查看把顏色代表的數字:

new_colors.cat.codes
0    3
1    1
2    0
3    3
4    0
5    4
6    4
7    1
8    4
9    2
dtype: int8


我們如果不滿意順序也可以從新排序:

new_colors.cat.reorder_categories(mapper).cat.codes
0    0
1    1
2    2
3    0
4    2
5    3
6    3
7    1
8    3
9    4
dtype: int8


有關cat其他的方法,我們還是可以通過遍歷dir來查看:

[i for i in dir(new_colors.cat) if not i.startswith("_")]
["add_categories",
 "as_ordered",
 "as_unordered",
 "categories",
 "codes",
 "ordered",
 "remove_categories",
 "remove_unused_categories",
 "rename_categories",
 "reorder_categories",
 "set_categories"]


Categorical 數據通常不太靈活,比如我們不能直接在new_colors上新增一個新的顏色,要首先通過
.add_categories來添加
ccolors.iloc[5] = "a new color"
---------------------------------------------------------------------------

NameError                                 Traceback (most recent call last)

 in ()
----> 1 ccolors.iloc[5] = "a new color"


NameError: name "ccolors" is not defined


new_colors = new_colors.cat.add_categories(["a new color"])
new_colors.iloc[5] = "a new color"  # 不會報錯
new_colors.values  # 成功添加
6. 利用Mapping巧妙實現映射

假設現在我們有存貯國家的一組數據,和一組用來映射國家所對應的大洲的數據:

countries = pd.Series([
    "United States",
    "Canada",
    "Mexico",
    "Belgium",
    "United Kingdom",
    "Thailand"
])

groups = {
    "North America": ("United States", "Canada", "Mexico", "Greenland"),
    "Europe": ("France", "Germany", "United Kingdom", "Belgium")
}

我們可以通過下面的方法來實現簡單的映射:

from typing import Any

def membership_map(s: pd.Series, groups: dict,
                   fillvalue: Any=-1) -> pd.Series:
    # Reverse & expand the dictionary key-value pairs
    groups = {x: k for k, v in groups.items() for x in v}
    return s.map(groups).fillna(fillvalue)
 membership_map(countries, groups, fillvalue="other")

很簡單對不對,現在讓我們看一下最關鍵的一行代碼,groups = {x: k for k, v in groups.items() for x in v},這個是我之前提到過的字典推導式:

test = dict(enumerate(("ab", "cd", "xyz")))
{x: k for k, v in test.items() for x in v}
7. 壓縮pandas對象
如果你的pandas版本大于0.21.0,那么都可以直接把pandas用壓縮形式寫入,常見的類型有gzip, bz2, zip,這里我們直接用剛才鮑魚的數據集:
abalone.to_json("df.json.gz", orient="records",lines=True, compression="gzip")  # 壓縮為gz類型
abalone.to_json("df.json", orient="records", lines=True)                        #壓縮為json
import os.path
os.path.getsize("df.json") / os.path.getsize("df.json.gz")  #壓縮大小差了10倍,還是gz更厲害
8. 源碼及GitHub地址

這一期為大家總結了很多pandas實用的小技巧,希望大家喜歡

我把這一期的ipynb文件和py文件放到了Github上,大家如果想要下載可以點擊下面的鏈接:

Github倉庫地址: https://github.com/yaozeliang/pandas_share

這一期就到這里啦,希望大家能夠繼續支持我,完結,撒花

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