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numpy:python數據領域的功臣

DevYK / 846人閱讀

摘要:前言對的意義非凡,在數據分析與機器學習領域為立下了汗馬功勞。現在用搞數據分析或機器學習經常使用的等庫,都需要基于構建。毫不夸張地說,沒有,今天在數據分析與機器學習領域只能是捉襟見肘。

前言

numpy對python的意義非凡,在數據分析與機器學習領域為python立下了汗馬功勞。現在用python搞數據分析或機器學習經常使用的pandas、matplotlib、sklearn等庫,都需要基于numpy構建。毫不夸張地說,沒有numpy,python今天在數據分析與機器學習領域只能是捉襟見肘。

什么是一門好的數據分析語言

數據分析面向的數據大多數是二維表。一門好的數據分析語言,首先需要能夠直接有個數據結構存下這個二維表,然后要配上一套成熟的類SQL的數據操作接口,最后要有一套好用的可視化工具。R語言就是一個極好的典范:用內置的data.frame結構做數據的存儲;data.frame本身提供足夠強大的數據操作能力,另有dplyr、tidyr、data.table、plyr、reshape2等庫提供更好用更高效的數據操作能力;在繪圖上,除了基本的plot功能外,還提供了ggplot2這樣一套優雅的繪圖語言,還通過htmlwidget庫與javascript各種繪圖庫建立了緊密的聯系,讓可視化的動態展示效果更進一步。Excel也是一個極好的例子,有單元格這種靈活的結構為數據存儲做支撐,有大量的函數實現靈活的操作,也有強大的繪圖系統。

python目前在數據分析領域也已經具備了相當可觀的能力,包括pandas庫實現的DataFrame結構,pandas本身提供的數據操作能力,matplotlib提供的數據可視化能力,而這一切都離不開numpy庫。

什么是一門好的機器學習語言

一般來講,一門好的機器學習語言在數據分析上也一定很吃得開,因為數據分析往往是機器學習的基礎。但是機器學習的要求更高,因為在模型訓練階段往往需要較為復雜的參數估計運算,因此語言需要具備較強的科學計算能力。科學計算能力,最核心的就是矩陣運算能力。關于矩陣運算能力,這篇文章對各種語言有很好的比較。

如果沒有numpy,python內部只能用list或array來表示矩陣。假如用list來表示[1,2,3],由于list的元素可以是任何對象,因此list中所保存的是對象的指針,所以需要有3個指針和三個整數對象,比較浪費內存和CPU計算時間。python的array和list不同,它直接保存數值,和C語言的一維數組比較類似,但是不支持多維,表達形式很簡陋,寫科學計算的算法很難受。numpy彌補了這些不足,其提供的ndarray是存儲單一數據類型的多維數組,且采用預編譯好的C語言代碼,性能上的表現也十分不錯。

python最流行的機器學習庫sklearn構建在numpy之上,提供了各種標準機器學習模型的訓練與預測接口,其中模型訓練接口的內部實現是基于numpy庫實現的。比如很常見的線性回歸模型,參數估計調用的是numpy.linalg.lstsq函數。

numpy的核心結構:ndarray

以下內容摘錄自用Python做科學計算

a = np.array([[0,1,2],[3,4,5],[6,7,8]], dtype=np.float32)

ndarray是numpy的核心數據結構。我們來看一下ndarray如何在內存中儲存的:關于數組的描述信息保存在一個數據結構中,這個結構引用兩個對象,一塊用于保存數據的存儲區域和一個用于描述元素類型的dtype對象。

數據存儲區域保存著數組中所有元素的二進制數據,dtype對象則知道如何將元素的二進制數據轉換為可用的值。數組的維數、大小等信息都保存在ndarray數組對象的數據結構中。

strides中保存的是當每個軸的下標增加1時,數據存儲區中的指針所增加的字節數。例如圖中的strides為12,4,即第0軸的下標增加1時,數據的地址增加12個字節:即a[1,0]的地址比a[0,0]的地址要高12個字節,正好是3個單精度浮點數的總字節數;第1軸下標增加1時,數據的地址增加4個字節,正好是單精度浮點數的字節數。

以下內容總結自Numpy官方文檔Numpy basics

關于ndarray的索引方式,有以下幾個重點需要記住:

雖然x[0,2] = x0,但是前者效率比后者高,因為后者在應用第一個索引后需要先創建一個temporary array,然后再應用第二個索引,最后找到目標值。

分片操作不會引發copy操作,而是創建原ndarray的view;他們所指向的內存是同一片區域,無論是修改原ndarray還是修改view,都會同時改變二者的值。

index array和boolean index返回的是copy,不是view。

關于上面列舉的分片操作不會引發copy操作,我們來進一步探討一下。先看一下numpy的例子:

再來看一下R的例子:

可以看到numpy和R在矩陣的分片操作有不同的設計理念:在R里分片操作會引起數據的復制,在numpy里不會。事實上,R的設計理念很多時候可以用一句話來概括:copy on modify,一旦對數據有修改就會引起內存上的復制操作,這個操作要花不少時間,因此經常會聽到人們抱怨R費內存且速度慢。所以,我們可以看到numpy在處理這件事情上明顯要用心很多,根據場景設計了不同的策略,不是簡單地采用R的一刀切方式。當然,這也帶來了一些學習成本,需要對numpy足夠熟悉才能避免踩坑。R社區里對copy on modify的哲學也有詬病并在努力改變,比如同是data.frame操作庫的data.table和dplyr,data.table性能比dplyr高很多,部分原因也是data.table規避了copy on modify的方式。

Structured Array

根據numpy的官方文檔,定義結構化數組有四種方式。本文采用字典方法,通過定義一個dtype對象實現,需要指定的鍵值有names和formats。

persontype = np.dtype({
        "names": ["name", "age", "weight"], 
        "formats": ["S32", "i", "f"]
    })
a = np.array([("Zhang", 32, 75.5), ("Wang", 24, 65.2)], dtype=persontype)

我們用IPython的計時函數看一下提取數據的效率:

%timeit a[1]
%timeit a["name"]
%timeit a[1]["name"]
%timeit a["name"][1]

輸出結果如下:

The slowest run took 46.83 times longer than the fastest. This could mean that an intermediate result is being cached.
1000000 loops, best of 3: 153 ns per loop
The slowest run took 34.34 times longer than the fastest. This could mean that an intermediate result is being cached.
10000000 loops, best of 3: 174 ns per loop
The slowest run took 13.00 times longer than the fastest. This could mean that an intermediate result is being cached.
1000000 loops, best of 3: 1.08 μs per loop
The slowest run took 9.84 times longer than the fastest. This could mean that an intermediate result is being cached.
1000000 loops, best of 3: 412 ns per loop

從上面的結果,我們發現,獲取相同的數據有多種操作,不同的操作性能差別很大。我做了一個推測,純粹是瞎猜:numpy在建立結構化數組時,將整個結構體連續存儲在一起,即按行存儲,因此a[1]的速度最快;但是為了保證提取列的效率,對a["name"]建立了索引,因此a["name"]的效率也很高;但是這個索引只對整個a起作用,如果輸入只有a的一部分,仍然需要遍歷整個a,去提取出對應的數據,因此a[1]["name"]a["name"][1]的效率差很多。

關于作者:丹追兵:數據分析師一枚,編程語言python和R,使用Spark、Hadoop、Storm、ODPS。本文出自丹追兵的pytrafficR專欄,轉載請注明作者與出處:https://segmentfault.com/blog...

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