摘要：安裝成功后，將得到如下提示分別給出了設置環境變量的方法和官方的參考文檔的位置。安裝當應用安裝到當前登錄用戶的文件夾中。安裝配置環境變量注意非環境如下安裝解壓文件在同一文件夾下，分別解壓和。

由于Intel編譯器支持的服務器系統列表為：

Supported operating systems for this
release include:
    - Red Hat Enterprise Linux* 4.0, 5.0, 6.0 (IA-32/Intel(R) 64)
    - Fedora* 15 (IA-32/Intel(R) 64)
    - SuSE Linux* Enterprise Server* 10.x, 11.0 SP1(IA-32/Intel(R)64)
    - Asianux* Server 3.0, 4.0 (IA-32/Intel(R) 64)
    - Ubuntu* 10.04 LTS, 11.04 (IA-32/Intel(R) 64)
    - Debian 6.0 (IA-32/Intel(R) 64)

只有centos(Red Hat Enterprise Linux)6.6是存在官方的docker鏡像，所以，我們在這里使用centos6.6進行安裝

[注意]

服務器內存不能少于2G，否則將會編譯錯誤

在安裝過程中，系統不能重啟。否則部分環境變量將失效。

啟動
#sudo docker build centos:6.6 ./
#sudo docker run -d --name {contanername} -v localpath:remotepath -t centos:6.6 "/bin/bash"
#sudo docker ps
#sudo docker exec -i -t containername "/bin/bash"

[注意]

{contanername} 換成你想起的容器名，比如vasp

localpath 本地路徑

remotepath docker虛擬機的路徑

比如我使用以下命令安裝：
#sudo docker run -d --name vasp2 -v /home/panjie/:/home/panjie -t centos:6.6 "/bin/bash"

vasp需要一些擴展包列表為gcc,which,glibc(32w位），libstdc++(32位）：
yum install -y rsync gcc-c++ which glibc-static.i686 libstdc++.i686
上面的擴展必須安裝，不然則會出現如下錯誤：

32-bit libraries not found on this system.

官方對jre是這么說明的：

Finally, there is an optional package to consider: The 11.x version of the Intel Compiler for Linux has a graphical debugger, a new graphical interface for the IDB debugger. If you want to use this debugger, please make sure to install the JAVA JRE version 1.5 or higher.

也就是說，你要不安裝的話，可能會有BUG
#yum install java-1.6.0-openjdk

編譯器即把C語言的文件變成可執行文件的。編譯器有很多，支持的功能也不一樣。在編譯、鏈接VASP時，推薦使用INTEL的編譯器。這是由于VASP軟件使用了很多Intel Math Kernel Library（Intel數學計算核心庫）。而這個IMKL，當然需要配套使用Intel的編譯器了。

我們上傳的編譯器，一般會是個tgz格式的壓縮包。我們找到這個壓縮包的位置，然后在那個位置上解壓：
#tar xzvf l_ccompxe_2011.6.233.tgz

解壓后進入解壓后的文件夾，進行安裝。
#./install.sh
接著會出一個安裝向導，我們按提示進行安裝即可。安裝過程中，會提示我們選擇證書，輸入證書的絕對路徑位置即可。

安裝成功后，將得到如下提示：

- Set the environment variables for a terminal window using one of the following
  (replace "intel64" with "ia32" if you are using a 32-bit platform).
     For csh/tcsh:
        $ source install-dir/bin/compilervars.csh intel64
     For bash:
        $ source install-dir/bin/compilervars.sh intel64
     To invoke the installed compilers:
        For C++: icpc
        For C: icc
        For Fortran: ifort
  To get help, append the -help option or precede with the man command.
- To view a table of getting started documents: 
  install-dir/Documentation/en_US/documentation_c.htm.

分別給出了設置環境變量的方法和官方的參考文檔的位置。
由于我們采用了默認路徑安裝，所以安裝文檔的位置為：
/opt/intel/composerxe/Documentation/en_US/documentation_c.htm

如果你注意觀察的話，會發現在安裝過程中提示的安裝路徑為：composer_xe_2011_sp1。但我們composerxe做為安裝路徑也可以，這是由于composerxe鏈接到了composer_xe_2011_sp1。

還是由于我們沒有更改安裝路徑，所以環境變量位置應該為：
/opt/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64

#vi ~/.bashrc

# .bashrc
source /opt/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64 # 添加這行                   

使環境變量馬上生效（如果有錯誤，執行以下命令時會報錯）
#source ~/.bashrc

安裝fcompxe的上面安裝ccompxe一樣。先解壓，再安裝。

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi" CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort

--prefix="/home/$USER/.openmpi" 當應用安裝到當前登錄用戶的.openmpi文件夾中。CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort為使用哪種編譯器編譯openmpi

make -j1
make install

make -j1使用1核進行編譯；make install 安裝

export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" >> /root/.bashrc
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
>> /root/.bashrc
which mpif90
/home/.openmpi/bin/mpif90

最后一條命令將返回mpif90的1條路徑，即我們上面剛剛設置過的。如果返回了幾行信息（所有的環境變量路徑，則說明沒有生效）。

注意：以上只適用于docker環境，非docker環境請參考如下配置。

export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" >> /home/$USER/.bashrc export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
>> /home/$USER/.bashrc
which mpif90

tar xzvf fftw-3.3.4.tar.gz 
cd  fftw-3.3.4
./configure --prefix=/home/.fftw --enable-mpi
make -j1
make install

export PATH=/home/.fftw/bin:$PATH >> /root/.bashrc
export LD_LIBRARY_PATH=/home/.fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH >> /root/.bashrc
which fftw-wisdom
/home/.fftw/bin/fftw-wisdom

注意：非docker環境如下：

export PATH=/home/$USER/.fftw/bin:$PATH >> /home/$USER/.bashrc
export LD_LIBRARY_PATH=/home/USER/.fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH >> /home/$USER/.bashrc
which fftw-wisdom
/home/.fftw/bin/fftw-wisdom

在同一文件夾下，分別解壓vasp.5.4.1和vasp.5.lib。

cp makefile.include vasp.5.4.1
cd vasp.5.4.1
vi makefile.include

28行設置MKL路徑MKLROOT =/opt/intel/mkl

33行只使用openmpi BLACS =-L$(MKL_PATH) -lmkl_blacs_openmpi_lp64

38行設置fftw OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /home/.fftw/lib/libfftw3_mpi.a

39行設置fftw INCS =-I/home/.fftw/include

上面主要是進行了一些配置，我們需要要給這個配置相應的值。比如mkl在哪了， libffw3_mpi.a的具體位置是什么，.fftw/include的位置在哪。所以，在設置的同時，我們最好查看一下本機對應的路徑是否存在。如果不存在，說明位置你記錯了，或是前面哪些步驟你忘了安裝了。

萬事具備，在確認服務器有不小于2G的內存后，執行:
make all
然后就是漫長的等待。

echo export PATH=/home/panjie/vasp.5.4.1/bin:$PATH >> /root/.bashrc
source ~/.bashrc

我們注意到此時，我們設置環境變量使用的是echo xxx >> xx，然后使用source ~/.bashrc生使環境變量生效，這樣做的好處是，當系統重啟后，該環境變量仍然生效。

該死的vasp_std等命令好像不能直接執行，還需要一個TorquePBS的隊列管理。

yum install -y libxml2-devel openssl-devel boost-devel libtool openssh-clients

查看主機名、新建用戶、設置新用戶密碼:

hostname
useradd panjie
passwd panjie

提示框出現后，輸入兩次密碼
得到主機名：28bf0f7e77e6

tar vxzf torque-6.1.1.1.tar.gz  
cd torque-6.1.1.1
./configure --prefix=/usr/local/torque --with-scp --with-default-server={hostname}
make
make install

將hostname替換成你自己的主機名

cp contrib/init.d/trqauthd /etc/init.d/
chkconfig --add trqauthd
echo /usr/local/lib > /etc/ld.so.conf.d/torque.conf
ldconfig
service trqauthd start

這步其實前面我們已經做了，重復一遍無所謂了，萬一我們以后更改主機名呢
echo > /var/spool/torque/server_name
將 替換為你的主機名

echo export PATH=/usr/local/bin/:/usr/local/sbin/:$PATH >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

./torque.setup root

如果你是多節點運算，那么需要將節點信息添加到：/var/spool/torque/server_priv/nodes

cp contrib/init.d/pbs_server /etc/init.d
chkconfig --add pbs_server
service pbs_server restart
cp contrib/init.d/pbs_mom /etc/init.d
chkconfig --add pbs_mom
service pbs_mom start

#cp contrib/init.d/{pbs_{server,sched,mom},trqauthd} /etc/init.d/

# for i in pbs_server pbs_sched pbs_mom trqauthd; do chkconfig --add $i; chkconfig $ion; done

5、在torque的解壓路徑運行./torque.setup panjie時運行下面兩句，設置環境變量

TORQUE=/usr/local/torque-xxx

echo "TORQUE=$TORQUE" >>/etc/profile

echo "export PATH=$PATH:$TORQUE/bin:$TORQUE/sbin" >>/etc/profile

source/etc/profile

./torque.setup panjie

前面安裝了這么多，終于到了可以創建自己的鏡像的時候。有了自己的鏡像，將使得我們以后在各種環境下，快速的安裝vasp.

步驟：
0 安裝ssh
1 退出鏡像
2 commit新鏡像
3 登錄鏡像倉庫
4 push 鏡像

exit

# 使用鏡像

docker pull xxxx:4.5.1
docker run -d --name {containername} -t xxxx:4.5.1 -p 2122:22

再然后，我們可以通過xshell等終端連接運行docker服務器的2122端口來進行登錄了。

# 參考資源
> [https://cndaqiang.github.io/2018/01/09/ubuntu-install-vasp/](https://cndaqiang.github.io/2018/01/09/ubuntu-install-vasp/)

> [https://software.intel.com/en-us/articles/using-intel-compilers-for-linux-under-redhat-enterprise-linux-or-centos](https://software.intel.com/en-us/articles/using-intel-compilers-for-linux-under-redhat-enterprise-linux-or-centos)
> [http://docs.adaptivecomputing.com/torque/5-1-1/Content/topics/hpcSuiteInstall/manual/1-installing/installingTorque.htm](http://docs.adaptivecomputing.com/torque/5-1-1/Content/topics/hpcSuiteInstall/manual/1-installing/installingTorque.htm)