python大數據可視化制作火山圖實例

89542767 發布于2023-01-10 14:29 / 628人閱讀

　　本文關鍵給大家介紹了python大數據可視化制作火山圖實例詳細說明，感興趣的小伙伴可以參考借鑒一下，希望可以有一定的幫助，祝愿大家多多的發展，盡早漲薪

　　導進控制模塊

　　importnumpyasnp
　　importpandasaspd

　　1.載入測試報告

　　data=pd.read_csv(r'E:ZYHR.projectrna-seqlianxi1exon_leveldf.csv')

　　2.查詢數據

　　data.head()

　　3.挑選差異基因

　　#3.試著寫循環系統挑選上下降遺傳基因歸類取值給"up"和"down"和"nosig"添加pvalue標準
　　###loc函數：根據行檢索"Index"中的實際值去取行數據信息（如取"Index"為"A"的行）
　　data.loc[(data.log2FoldChange&gt;1)&(data.padj&lt;0.05),'type']='up'
　　data.loc[(data.log2FoldChange&lt;-1)&(data.padj&lt;0.05),'type']='down'
　　data.loc[(abs(data.log2FoldChange)&lt;=1)|(data.padj&gt;=0.05),'type']='nosig'

4.查詢數據,發覺多了type這某列

　　data.head()

　　5.統計個數

　　data.type.value_counts()
　　up123
　　down103
　　Name:type,dtype:int64
　　data.type.value_counts()
　　up123
　　down103
　　Name:type,dtype:int64

　　6.繪火山圖

　　importseabornassns
　　importmath
　　importmatplotlib.pyplotasplt
　　importmatplotlibasmpl
　　%matplotlibinline
　　#對padj取個-log10多數
　　data['-logpadj']=-data.padj.apply(math.log10)
　　#查詢
　　data[['log2FoldChange','padj','type','-logpadj']].head()
　　#先調整一下你的顏色
　　colors=["#01c5c4","#ff414d","#686d76"]
　　sns.set_palette(sns.color_palette(colors))
　　#制圖
　　ax=sns.scatterplot(x='log2FoldChange',y='-logpadj',data=data,
　　hue='type',#色調投射
　　edgecolor=None,#點界限色調
　　s=8,#點尺寸
　　)
　　#標識
　　ax.set_title("vocalno")
　　ax.set_xlabel("log2FC")
　　ax.set_ylabel("-log10(padj)")
　　#挪動圖示部位
　　ax.legend(loc='centerright',bbox_to_anchor=(0.95,0.76),ncol=1)

　7.存圖

　　fig=ax.get_figure()
　　fig.savefig('./python_vocalno.pdf')

綜上所述，這篇文章就給大家介紹到這里了，希望可以給大家帶來幫助。

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89542767 2023-01-10 14:50 評論0 收藏0
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iliyaku 2019-07-31 10:26 評論0 收藏0
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89542767 2023-01-13 14:43 評論0 收藏0